La Operación: BANDERA ROJA fue planeada para poner fin de una vez por todas a la Guerra Humano-Covenant. Fue concebida por la Sección Tres de la ONI en 2552 para evitar la derrota inminente de la humanidad a manos del Imperio Covenant; sin embargo esta operación nunca fue llevada a cabo debido a la destrucción del planeta Reach, y la retirada de las fuerzas del UNSC hacia la Tierra.
Operación
Esta operación fue planeada para ser ejecutada en cuatro fases:
Primera Fase
Consistía en inhabilitar y abordar un crucero Covenant. Para esto, la Dra. Halsey seleccionó al Capitán Jacob Keyes por su desempeño ejemplar durante la Batalla de Sigma Octanus IV, y a su Crucero mas reciente, el UNSC Pillar of Autumn.
Segunda Fase
La segunda fase involucraba la captura del Crucero a manos de Spartans-II, los cuales neutralizarían a las tropas a bordo y tomarían el control de la nave. Ellos, con la ayuda de un especialista, piratearían la base de datos de navegación para localizar el mundo de origen.
Tercera Fase
Con la ayuda de Cortana, los Spartan pilotarían el Crucero capturado hacia el planeta natal del Covenant.
Cuarta Fase
La cuarta y última fase consistía en la infiltración dentro de la capital Covenant y en la captura de un Profeta para propósitos de negociación. El UNSC esperaba que al capturar y mantener como rehén a un profeta, podrían forzar al Covenant para aceptar una tregua, terminando así una guerra que el UNSC hubiera perdido inevitablemente.
Resultados
A pesar de que la operación nunca se completó, ésta trajo dos piezas cruciales de tecnología, la IA Cortana y la armadura MJOLNIR Mark V. Estos dos elementos, utilizados después por los Spartan, serían fundamentales para el desenlace de la guerra.